Deux projets sélectionnés pour la seconde vague de l’AO Innovation 2016 !

Projet eDNA-Guy : développer un outil d’inventaire biotique adapté aux rivières Guyanaises

Le porteur du projet, Sébastien Brosse (EDB – UPS/CNRS UMR5174) et ses partenaires industriels Tony Dejean (SPYGEN) et Alice Valentini (SPYGEN également) proposent de développer une alternative non destructrice aux échantillonnages piscicoles traditionnels par eDNA Metabarcoding (Taberlet et al. 2012). Cette méthode consiste à collecter l’ADN libéré par les organismes directement dans l’eau et comparer les séquences collectées à une base de donnée moléculaire de référence pour leur assigner une espèce. Développée par la société française SPYGEN, cette technique a été démontrée comme étant efficace pour caractériser la faune piscicole de rivières en climat tempéré. Ayant commencé à conduire des tests préliminaires dans les rivières guyanaises les porteurs du projet souhaitent désormais passer à la vitesse supérieure en collectant des échantillons eDNA sur 60 sites et calibrer les assemblages piscicoles obtenus en les comparant à ceux déjà caractérisés sur les mêmes sites par échantillonnage traditionnel (Allard et al. 2016).

Projet RETHINk : explorer la variabilité génétique de la réponse de diverses tomates au pathogène Ralstonia solanacearum

Richard Berthomé et Fabienne Vailleau (LIPM UMR CNRS-INRA 2594/441) portent un projet visant à décrypter les bases génétiques des interactions plante-pathogène-environnement, en utilisant la tomate comme modèle. Ce projet vise plus particulièrement à caractériser de nouveaux mécanismes de résistance à Ralstonia, une bactérie pathogènes, mécanismes restant efficaces à température élevée (32 °C). Il s’inscrit dans la perspective de maintenir le potentiel génétique complet d'un légume de grande valeur, de manière durable, dans le contexte du changement climatique. Pour relever ces défis, les porteurs du projet proposent d'explorer la variabilité génétique de la réponse à Ralstonia d'un ensemble unique de 200 accessions de tomates sauvages (Solanum pimpinellifolium) couvrant une grande échelle géographique et climatique, tout en tenant compte des diversités inter- et intra-génétiques de la bactérie pathogène, et de l'incidence du réchauffement climatique. Le support financier apporté par TULIP via l’AO Innovation en partenariat avec la société SYNGENTA permettra d’amorcer la première tâche d’un programme plus large (Burned) avec la même société : la création et l’analyse des ressources génomiques nécessaires aux analyse à l’échelle du génome (GWA) et aux études génomiques comparatives qui seront réalisées.